Das Kinderschutz-Zentrum Kiel ist in Trägerschaft des Deutschen Kinderschutzbundes Ortsverband Kiel e.V..

Das Kinderschutz-Zentrum Kiel ist Teil der Bundesarbeitsgemeinschaft Die Kinderschutz-Zentren und bundesweit mit allen Kinderschutz-Zentren verbunden.

Im Auftrag der Bundesregierung vertritt das Kinderschutz-Zentrum Kiel mit dem Kinderschutz-Zentrum Lübeck die Kinderschutz-Zentren in Deutschland als Competence-Center im Netzwerk Children at Risk in the Baltic Sea Region.